Još pod stresom zbog smrti Kate, Gibbs je još više povrijeđen kad Ari otme Duckya. Gibbs šalje Tonya da prati Zivu, a nakon što su Gibbs i Jenny umalo ubijeni, on je još više motiviran da završi stvar sa Ariem. Zivina čudna povezanost sa Ariem će mu u tome pomoći.

Gibbsu je naređeno da intervjuira osuđenika na smrt, te da pokuša saznati informaciju o mjesto odlaganja ubijenih žrtvi. Ali plan ne uspijeva pa tim mora riješiti slučaj na svoj način.

Kad se pronađe truplo muškarca u lijesu iz Građanskog Rata, tim zaključi da je žrtva, Narednik, bio živ zakopan. Kroz istragu Abby nađe posljednji telefonski poziv sa mobitela. U međuvremenu, Gibbs je informiran da je Ziva od sada NCIS agentica.

Kad je djelatna vojna osoba upucana na autocesti, tim preuzima istragu. Prvi trag, činjenica da je žrtva vodio dvostruki život, ih dovodi do mogućeg rješenja slučaja, ali sve se mijenja kad žrtvina poruka na samrti uperi prst u drugom smjeru.

NCIS istražuje čudan slučaj. Žena Marinca je ubijena uživo na Internetu. Istraga pokazuje da su dvije kućanice vodile Internetsku seks stranicu, te da su sada su obje nestale. Dok ih pokušavaju naći, tim će pokušati naći održavatelja stranice i riješiti ubojstvo.

Kad 6-godišnji dječak obavijesti NCIS o otmici svog oca, tim saznaje da je Zapovjednik radio na tajnom projektu imena 'Honor', te da je jedini koji ima lozinku za pristup projektu. Dok se Gibbs zbližava sa dječakom, ostatak tima saznaje da je projekt hakiran te da su neke informacije izbrisane. Da li je nestali zapovjednik krivac ili žrtva?

Kad su tijela dvoje plaćenih ubojica dostavljena u NCIS, Tony i Ziva su preuzeli njihov identitet u nadi da će saznati tko ih je angažirao. Dok rade na slučaju, Tony i Ziva provode mnogo 'kvalitetnog' vremena u luksuznom hotelu. Gibbs otkriva da nisu jedini koji rade na slučaju.

Tony je optužen za ubojstvo žene čije je tijelo pronađenu u bazi Quantico, pa tim mora dokazati suprotno. Svi mogući dokazi upućuju da je Tony kriv. Tim će dati sve od sebe da dokaže suprotno.

Dok je bio na dužnosti, McGee je ubio čovjeka za kojeg se kasnije utvrdilo da je bio Policajac na tajnom zadatku. Kad Jenny dozvoli istragu nad McGeejem, tim je odlučan dokazati da je on nevin. U međuvremenu, Tony ima problema sa prošlošću.

Dok se snima 'reality show' u bazi Marinaca, supermodel umire. NCIS tim mora pronaći njenog ubojicu. Nailaze na ljubavni trokut između modela i troje ljudi koji su svi sumnjivi.

Dok traže krijumčare oružja u luci za brodove, Tony i Ziva nestaju te ih tim mora pronaći. Abby ih pokušava naći preko GPS čipova ali su izvan dometa. U međuvremenu, Tony i Ziva, skrivajući se u kontejneru, pronalaze dokaze koji će im pomoći riješiti slučaj.

Kad Zapovjednica koja je zadužena za pošiljku goriva za nuklearno oružje nestane, NCIS je pozvan. Tim mora riješiti slučaj prije nego osoba koja ju je otela sazna za tajnu lokaciju ili nadi Zapovjednici.

NCIS tim istražuje ubojstvo dviju žena Marinaca, te mora pronaći ubojicu prije nego ubije još koju ženu.

Kad pronađu ilegalnu radionicu u kojoj se rastavljaju automobili, NCIS tim nabasa na glavu Marinca koja je bila u prtljažniku jednog automobila. Kad nađu sve sumnjivcem tim će morati pronaći i ostatak tijela.

Kad Ambulantno auto eksplodira dok prevozi ostatke Marinca koji je poginuo u automobilskoj nesreći, NCIS je pozvan da istraži o čemu se radi. Istraga ih odvodi do nekih zaključaka: DNA žrtve u autu ne odgovara mrtvom Marincu, auto je bio namješten da eksplodira i obitelj mrtvog Marinca ima veliku tajnu.

Kad srednjoškolci pronađu identifikacijske pločice Marinca u nacionalnom parku, NCIS je pozvan da istraži. Dok traže mjesto gdje je kampirao, tim saznaje da je bio vjerojatno sa ženom. Istraga ih odvodi do otkrića da postoji serijski ubojica koji ubija žene.

NCIS tim mora spriječiti srednjoškolca da detonira bombu koja mu je okačena na tijelo. On drži nekoliko studenata kao taoce. Gibbs ga pokušava zaustaviti u tome te ulazi u učionicu gdje saznaje da mladića kontrolira netko izvana.

Tim je pozvan kad su djeca pronašla tijelo nestalog Marinca u zamrznutom jezeru. Dok pretražuju jezero pronalaze tijela još trojice ubijenih. Ducky otkriva da žrtve imaju tetovaže uličnih bandi.

Kad pronađu mrtvo tijelo kriptograferice iz Pentagona, tim mora otkriti da li je bila krtica koja je odavala tajne, te je li počinila samoubojstvo. Istraga pokazuje da nije bila sama u kući kad je umrla te da ju je netko ubio.

Dok radi na slučaju ubojstva, Abby je skoro poginula od namještenih dokaza. Uskoro se pokazuje da je ubojstvo namješteno te da netko želi ubiti Abby. Tim pronalazi nekoliko sumnjivaca iz njene prošlosti, te moraju pronaći pravu osobu prije nego ubije Abby.

Tim mora zaštititi Zivu kad osoba koju je vodila na ispitivanje umre, a njena taktika je moguć razlog smrti. Stvari se zakompliciraju kad brat žrtve otme Jenny te zatraži zamjenu: njegovog brata za Jenny.

Dok radi na slučaju, Gibbs je teško ranjen u eksploziji. Dok leži u komi, prisjeća se bolne prošlosti koju skriva od drugih. Ostatak tima nastavlja istragu te pokušava ostaviti osjećaje sa strane.