Gibbs je prisiljen vratiti se iz mirovine kako bi pomogao Fornellu, kojemu prijeti osuđenik pobjegao iz zatvora. Osuđenik prijeti Fornellu i njegovoj kćeri Emily. Gibbs i tim NCIS-a ponovno otvaraju stari slučaj pljačke i ispituju umirovljenog mornara koji je jedini kontaktirao s osuđenikom nakon što je ovaj završio u zatvoru. Istraga će odvesti tim NCIS-a do iznenađujućeg otkrića.

Napušten auto, registriran na ime nestale mornaričke poručnice, nađen je prepun krvi. Tim NCIS-a doznaje da je nestala poručnica izrađivala profile muškaraca pokušavajući pronaći savršenog muškarca za sebe. Kad otkriju da je poručnica namjeravala ići na seminar u lokalnom hotelu, Ziva kreće na tajni zadatak kako bi doznala više informacija. Ducky je zauzet pretraživanjem profila muškaraca. Jenny iznese Tonyju tajnu ponudu.

Kad Policija zaustavi auto i uhiti vozača zbog skrivenog oružja, drugo auto se zabije u Policijsko, a vozač je mrtav. Uhićeni čovjek je Rus te Državna Sigurnost tvrdi da je radio za njih. Rus je povezan sa starim zločinom na kojem je radio Mike Franks. Mike se vraća iz mirovine srediti stvari.

Pronađeno je tijelo Kaplara te tim zaključuje da je bilo zakopano pa otkopano.Identifikacijom se utvrdi da je trebao ići u Irak ali nikad nije stigao. Istraga im pokaže i da je imao dvije zaručnice.

Noć vještica je pa tim uzima slučaj kćeri Marinca koja je oteta. Istraga ih vodi do rastavljenih roditelja te se odluče fokusirati na ženinog bivšeg dečka, jer su zaključili da je žena razorila brak. U međuvremenu, Tony i McGee su zaprepašteni sa Abbynim kostimom.

Kad Pukovnik  pogine u eksploziji na golf igralištu, NCIS istražuje jeli to bio teroristički napad. CIA im daje trag prema napuštenom skladištu, ali se ispostavi da je to stupica jer je skladište minirano.

Kad se pronađe tijelo mrtvog Marinca u hotelu, tim mora saznati što se dogodilo. Uskoro saznaju da se marinac nije ubio te da je bio beskućnik. Pretragom njegovih stvari nailaze na dokaze koji ga kompromitiraju, ali Gibbs je uvjeren u njegovu nedužnost.

McGee riskira svoj posao u NCIS kad odluči pomoći svojoj sestri koja je dezorijentirana i krvava. Dok on pokušava saznati što se dogodilo, NCIS tim istražuje slučaj Mornara koji je nekako povezan sa McGeejevom sestrom.

Kad se pronađe mumificirano tijelo u peći, NCIS mora raditi sa FBI-em. Ispostavi se da tijelo pripada serijskom ubojici. Oni posjećuju obitelj te dolaze do šokantnog otkrića.

Kad robotsko vozilo 'Otto' uzrokuje smrt Poručnice, a poslije skoro ubije i Abby, tim mora naći osobu koja je sabotirala auto te ubila Poručnicu. Ziva saznaje da Tony često posjećuje bolnicu.

Ubijen je marinski časnik u hotelskoj sobi te tim pokušava pronaći ubojicu. Kad shvate da je on mrtav već tri dana, a da su lokalci već 'istražili' ubojstvo, Gibbs odlučuje riješiti slučaj jer postoji šansa da je terorizam u pitanju.

Kad NCIS tim shvati da je 10 kg kemijskog oružja u rukama Mamoun Sharifa, traženog terorista, oni će morati naći način da ga zaustave prije nego bude kasno. Pomoći će im Pukovnica Hollis Mann a i konstantni telefonski pozivi Sharifa osobno.

Kad uhvate internacionalnog trgovca oružjem, tim saznaje da će tajni oružani sistem biti na prodaju, te da je kupac La Grenouille. Da zaustave transakciju, tim će poslati Duckya na tajni zadatak. U međuvremenu, druga vladina agencija radi na istom slučaju, ali sa drugim planovima.

Pronađeno je tijelo mrtvog Mornara u napuštenom dijelu grada te istraga pokazuje da je umro od predoziranja. Uskoro tim saznaje da to nije bilo slučajno.

Kad mornarički Poručnik postane žrtva trovanja radijacijom, tim mora pronaći odgovornu osobu. Poručnik kaže da su samo dvije osobe znale za njegov zadatak, te da ga je krivac sigurno htio zaustaviti od odlaska na sljedeći zadatak.

Kad eksplozija u vojnom mauzoleju otkrije grobnicu prepunu nekoliko tijela, tim obavještava porodice žrtvi, nadajući se da će naći neku povezanost.

Kad navodno smrznuti marinac oživi na Duckyjevom stolu, tim mora saznati gdje je bio posljednjih dana i tko ga je ostavio misleći da je mrtav. Tokom istrage utvrđuju da je išao u Baghdad sa privatni avio-prijevoznikom.

Kad poziv NCIS-u o mogućoj terorističkoj prijetnji rezultira smrću dvoje agenata, tim mora saznati tko je odgovoran uz pomoć agentice Paule Cassidy, koja sebe smatra odgovorni za tragediju.

McGee je pod stresom u istrazi ubojstva Dočasnika koje se događa kao i u njegovoj novoj knjizi. Međutim, ubojica ne ostavlja tragove.

Direktorica Shepard pravi pogrešku nalazeći se sama sa informantom koji joj može pomoći uhvatiti La Grenouillea, te informant biva ubijen. NCIS tim mora pronaći sve tragove da konačno uhvate svog neprijatelja.

Kad slijepi fotograf slika tijelo Dočasnika, NCIS istražuje slučaj. U međuvremenu, Gibbs i Tony imaju poteškoća u vezama.

Pošto je Jenny na konferenciji, Gibbs je njen zamjenik, ali on zanemaruje to i istražuje ubojstvo čovjeka koji je pronađen mrtav u taksiju, koji je bio naručen za NCIS.